Новости и события » Общество » Неверная половая маркировка поставила под сомнение итоги 46% транскриптомных исследований

Неверная половая маркировка поставила под сомнение итоги 46% транскриптомных исследований

Неверная половая маркировка поставила под сомнение итоги 46% транскриптомных исследований

Транскриптом - совокупность всех молекул РНК (мРНК, некодирующих РНК), которые синтезируются клеткой или группой клеток. Понятие транскриптома - «онтогенетический» аналог понятия генома: в отличие от последнего транскриптом может сильно меняться в зависимости от условий окружающей среды. Одним из атрибутов исследований, связанных с транскриптомом, равно как и с геномом, является уточнение половой принадлежности изучаемого клеточного материала.

Авторы проверили 70 чужих научных работ - всего 4160 образцов, - аннотации к которым содержали такое указание. Для анализа ученые разработали метод классификации образцов на основе специфических половых генов: XIST, RPS4Y1 и KDM5D, характерных для развития плода по женскому (XIST) и мужскому (KDM5D, RPS4Y1) типу. В отдельную группу были выделены пробы, половая принадлежность которых не может быть установлена достоверно по техническим или естественным причинам.

Результаты показали, что в 32 из 70 (46%) работ мета-данные в аннотации противоречат реальной половой принадлежности биоматериала. В половине случаев такие ошибки встречались в генетических исследованиях в области онкологии. При этом доля образцов с неустановленной принадлежностью пола в таких работах оказалась значительно выше - 2,6 против 0,3%. Неоднозначные образцы были обнаружены в 15 из 70 (21%) исследований.

По словам авторов, неверная маркировка проб является серьезной проблемой, особенно при культивировании клеток. Под сомнение, однако, ставится и точность тестов на основе специфических половых генов. Так, многие «мужские» линии клеток утрачивают Y-хромосомы в период культивирования. Кроме того, в 2015 году были опубликованы результаты аналогичной проверки: тогда тесты показали, что сотни образцов, заявленных как «мужские», генетически являются «женскими», тогда как десять «женских» - «мужскими».

Тем не менее, ученые нередко пренебрегают базовой проверкой изучаемых клеток, отмечает доктор Аманда Кэйпс-Дэвис.

«Я надеюсь, люди просто будут внимательнее к тому, что анализируют», - заявила она.


Выпуск Ninamori CMS 0.5

Выпуск Ninamori CMS 0.5

После почти девяти месяцев разработки состоялся релиз системы управления web-контентом Ninamori CMS 0.5, основанной на фреймворке Django 1.8 и нацеленной на создание сайтов, выглядящих минималистично, но обладающих богатой функциональностью. Код подробнее ...

загрузка...

 

Вверх