Исследователи смогли расшифровать ДНК на обычном компьютере
Обычные алгоритмы расшифровки ДНК опираются на идею, что большое количество копий нити ДНК можно разбить на множество легко считываемых мелких фрагментов, которые при этом частично пересекаются друг с другом. Но в таком случае для расшифровки надо много вычислительных ресурсов.
Авторы новой работы решили переделать алгоритм, чтобы он не требовал таких высоких мощностей при вычислении. Они создали математическую теорию, с помощью которой геном можно закодировать в виде набора из часто встречающихся последовательностей из нескольких букв-нуклеотидов, а не одиночных звеньев.
С помощью нового подхода можно сделать процесс расшифровки быстрее и склеить частично совпадающие фрагменты ДНК. В результате авторы использовали меньше компьютерной памяти для аналогичных вычислений.
Наш подход работает, даже если в исходном материале содержится до 4% ошибок. Вкупе с удешевлением машин для секвенирования это открывает дорогу для демократизации генетического анализа. Бонни Бергер, профессор Массачусетского технологического института и один из авторов исследования.
Во время эксперимента авторы попробовали расшифровать ДНК человека. Процесс сборки человеческого генома занял всего 10 минут и потребовал около 10 гигабайтов оперативной памяти.
