Российские ученые создали программу для быстрого анализа совокупности генов
Российские биологи и программисты создали уникальную программу, позволяющую быстро сравнивать между собой совокупности ДНК микроорганизмов, обитающих в разных средах. Это позволит, помимо прочего, разрабатывать средства персонализированной медицины.
Программный инструмент назвали MetaFast. Разработали его специалисты из МФТИ, Университета ИТМО и ФНКЦ физико-химической медицины. Результатами своих изысканий ученые поделились в статье, опубликованной в журнале Bioinformatics.
Ученые поясняют, что у каждого человека есть геном - особая последовательность генов, которая задает развитие индивида. А также любой живой организм содержит метагеном - также последовательность генов, но это уже совокупность ДНК микроорганизмов, обитающих в одной среде (вирусы, бактерии, грибы). Метагеном часто является индикатором предрасположенности к различным заболеваниям. Или показателен при уже имеющихся.
MetaFast позволяет быстро провести сравнительный анализ метагеномов. При исследовании, к примеру, микрофлоры кишечника пациентов зачастую выявляют микроорганизмы, которые ассоциируются с каким-либо заболеванием. Часто это диабет или предрасположенность к нему. В таком случае актуально применение персонализированной медицины, создание абсолютно новых лекарств. И MetaFast поможет понять биологам, в каком направлении следует двигаться, поскольку подобные исследования на сейчас - довольно редкие и затратные, как минимум, по времени.
Сравнивая с помощью MetaFast метагеномы здорового человека и больного, ученые могут выявить ранее неизвестные патогенные организмы. Соответственно, это поможет разработать новые средства персонализированной медицины. А в целом российские ученые уверяют, что вариантов применения MetaFast на практике - огромное количество.
