Ученые обнаружили скрытый ген в коронавирусе SARS-CoV-2
Исследователи идентифицировали "ген в гене", который скрывался в цепочке нуклеотидов.
Исследователи обнаружили скрытый ген в генетическом коде коронавируса SARS-CoV-2 - сегмент, который до сих пор оставался незамеченным.
Недавно идентифицированный ген ORF3d является примером того, что называется перекрывающимся геном: своего рода "ген в гене". Он скрывается в цепочке нуклеотидов из-за того, что перекрывает закодированные последовательности других генов.
"С точки зрения размера генома, коронавирус SARS-CoV-2 и его родственники являются обладателями одного из самых длинных существующих РНК-вирусов. Таким образом, среди них чаще встречается "геномный обман", чем у других РНК-содержащих вирусов", - говорит биоинформатик Чейз Нельсон из Американского музея естественной истории.
По словам ученых, вирусы склонны к тому, чтобы иметь перекрывающиеся гены, так что открытие не стало шокирующим. Пока неизвестно, действительно ли ORF3d представляет собой геномный обман, но в любом случае его крайне сложно обнаружить.
Перекрывающиеся гены сложно идентифицировать в генетических последовательностях, поскольку системы геномного сканирования могут пропускать их при просмотре строк генетического кода. Системы обычно запрограммированы на выделение отдельных генов, но не всегда отображают общую картину.
В контексте таких вирусов, как SARS-CoV-2, это может создавать серьезную "слепую зону". С начала года ученые пытаются разобраться в генетической структуре вируса, но многое остается неизвестным.
"Подобное упущение подвергает нас опасности потерять из виду важные аспекты вирусной биологии. Перекрывающиеся гены могут быть эффективным инструментом в арсенале вируса, который помог ему эволюционировать для репликации, подрыва иммунитета хозяина или передачи самого себя", - говорит Нельсон.
Что касается ORF3d, ученым еще предстоит узнать его функцию и то, почему он скрывается в геноме вируса.
Сканируя геномные базы данных, исследователи обнаружили, что этот ген был идентифицирован раньше, но только в одном варианте коронавируса, поражающего панголинов в Китае.
Пока что известно лишь то, что ORF3d действительно может вызывать сильный иммунный ответ.
"Мы еще не знаем его функций и клинического значения. Но прогнозируем, что этот ген не будет обнаружен клеточным иммунитетом, в отличие от гуморального иммунитета, где защитные функции выполняют молекулы, находящиеся в плазме крови, а не клеточные элементы", - подытожил эксперт.
